科研星球

AU富集区域查找,ARED-Plus 数据库

ARED-Plus 数据库(https://brp.kfshrc.edu.sa/ared),是一个可以用来预测基因是否含有AU富集区域的数据库。这个数据库可以通过通过基因名的检索,来预测这个基因是否会收到ARE的调控。

PS:这个数据库需要科学上网才能用。


640.png


>>>>

使用方法


使用方法很简单,网站提供了三种检索方式:基本检索高级检索以及列表批量检索。三种检索方式大同小异,这里就介绍一下基本检索


打开基本检索之后,我们可以看到下面这个界面。

  1. 首先需要我们去选择的是,想看3UTR区还是内含子区的ARE。我们把两个都选上。

  2. 另外直接输入检索的关键词即可。最基本的还是基因名,我们这里输入:RNF180

  3. 点击搜索即可。


640 (1).png


>>>结果解读


检索完之后,我们可以得到关于这个基因是否有ARE的信息。如下图:


640 (2).png

结果中如果3’UTR区和内含子区都有调控位点。默认显示的是3’UTR的结果。我们可以通过切换成内含子的结果。对于结果的检索网站还同时提供了结果的下载。

另外,这个网站目前就提供了最基本的查询信息。如果还要查看进一步的信息。需要去他们开发的另外一个网站:AREsite2(http://rna.tbi.univie.ac.at/AREsite2/welcome)



AREsite2


下载.jpeg


该网站的使用也是很简单的。我们需要做的就是:

  1. 选择感兴趣的motif

  2. 选择物种

  3. 选择感兴趣的区域

  4. 输入想要查看的基因名:我们这里还是选择RNF180


640 (3).png


对于网站的输出结果,首先我们可以看到的是一个简陋的基因浏览器,在这个浏览器里面,我们可以看到我们检索的目标基因存在相关motif的具体位置。

640 (4).png


除了可视化的结果,网站还提供了具体结果的表格信息。

640 (5).png


>>>>

数据下载


关于ARED-Plus数据库,如果觉得每次上网站检索很麻烦的话,网站提供了把所有数据下载下来的功能。我们选择 FTP即可看到下载所有数据的界面。


640 (6).png


下载下来的数据是这个样子的,信息还是挺全的。这样假如我有整个基因组很多靶向基因进行分析的时候,就可以批量进行个性化检索或者处理了。


下载 (1).jpeg


没有账号?